The following software is available on Rocket as a loadable module.

Additional software may be downloaded and compiled within an individual or group area if desired, subject to compliance with any licensing terms.

Tools in this list which allow for per-user additional software, such as Conda, Python/pip, R are all supported.  

   ABINIT
   ABRicate
   Advisor
   AFNI
   ALE
   align
   Amber
   AmberTools
   Anaconda2
   Anaconda3
   ANSYS
   ant
   ANTLR
   ANTs
   any2fasta
   Archive-Zip
   archspec
   Armadillo
   arpack-ng
   Arrow
   arrow-R
   Aspera-CLI
   ATK
   at-spi2-atk
   at-spi2-core
   attrdict3
   AUGUSTUS
   Autoconf
   AutoDock
   AutoGrid
   Automake
   Autotools
   bam-readcount
   BamTools
   BamUtil
   basemap
   Bazel
   BCFtools
   bcl2fastq2
   bcl-convert
   beagle-lib
   BeautifulSoup
   BEDTools
   BGEN
   binutils
   Bio-DB-HTS
   BioPerl
   BioPP
   Biopython
   Bismark
   Bison
   bitarray
   BLAST
   BLAST+
   Blender
   BLIS
   bokeh
   Boost
   Boost.MPI
   Boost.Python
   Bottleneck
   Bowtie
   Bowtie2
   Brotli
   Brunsli
   BUSCO
   BWA
   bwa-mem2
   bwa-meth
   bwidget
   bx-python
   bzip2
   C3D
   cairo
   canu
   c-ares
   Catch2
   ccache
   CDO
   cffi
   CFITSIO
   CGAL
   cget
   Check
   ChromHMM
   Clang
   clck
   CMake
   COMSOL
   COPASI
   CP2K
   CppUnit
   cppy
   cram
   cromwell
   crossflow
   CUDA
   CUDAcore
   Cufflinks
   CUnit
   cURL
   cutadapt
   dask
   DB
   DBD-mysql
   DB_File
   DBus
   dbus-glib
   demuxlet
   DendroPy
   DIAMOND
   DISSECT
   DLCpar
   double-conversion
   Doxygen
   dxpy
   EasyBuild
   ecCodes
   edlib
   Eigen
   elfutils
   Elk
   ELPA
   enchant-2
   ESMF
   ETSF_IO
   Exonerate
   expat
   expecttest
   FALCON
   FastME
   FastQC
   FastQ_Screen
   fastqz
   FastUniq
   feh
   Ferret
   FFmpeg
   ffnvcodec
   FFTW
   FFTW.MPI
   FGSL
   FIAT
   file
   FINEMarine
   FLAC
   flatbuffers
   flatbuffers-python
   flex
   FlexiBLAS
   flit
   FLTK
   Flye
   fontconfig
   foss
   fosscuda
   freeglut
   FreeImage
   FreeSurfer
   freetype
   FreeXL
   FriBidi
   FSL
   g2clib
   g2lib
   galaxy_sequence_utils
   GAMESS-US
   GATK
   gaussian
   gc
   GCC
   GCCcore
   gcccuda
   GConf
   GDAL
   GDGraph
   Gdk-Pixbuf
   GDRCopy
   GEOS
   gettext
   gfbf
   Ghostscript
   giflib
   gimkl
   git
   GitPython
   GL2PS
   glew
   GLib
   glibc
   GLibmm
   glib-networking
   Globus-CLI
   GlobusConnectPersonal
   GLPK
   GMP
   gmpy2
   gmsh
   GMT
   GNU
   gnuplot
   GnuTLS
   Go
   GObject-Introspection
   gompi
   gompic
   googletest
   goolf
   gperf
   Graphene
   GraphicsMagick
   graphite2
   Graphviz
   GRASS
   groff
   GROMACS
   GSL
   GST-plugins-base
   GStreamer
   GTK+
   GTK2
   GTK3
   GTS
   Guile
   guppy-cpu
   gzip
   h5py
   hail
   HarfBuzz
   Harminv
   hatchling
   HDF
   HDF5
   help2man
   hess
   Highway
   hiredis
   HISAT2
   HMMER
   HTSeq
   HTSlib
   hunspell
   hwloc
   hypothesis
   Hypre
   icc
   iccifort
   ICU
   ifort
   igraph
   iimpi
   imach
   ImageMagick
   Imath
   imkl
   imkl-FFTW
   Imlib2
   impi
   inputproto
   Inspector
   intel
   intel-compilers
   intltool
   iomkl
   iompi
   IPython
   IRFinder
   ISA-L
   JAGS
   Jansson
   JasPer
   Java
   jbigkit
   Jellyfish
   jemalloc
   Jmol
   json-c
   JsonCpp
   Judy
   Julia
   JUnit
   JupyterLab
   jupyter-server
   kallisto
   kbproto
   Keras
   kim-api
   Kraken2
   LAME
   LAMMPS
   LAPACK
   last
   LDC
   ldsc
   LERC
   lftp
   liac-arff
   libaio
   libarchive
   libart
   libavif
   libBigWig
   libcerf
   libctl
   libdap
   libdeflate
   libdrm
   libepoxy
   libev
   libevent
   libexif
   libfabric
   libffi
   libgcrypt
   libgd
   libgdiplus
   libGDSII
   libgeotiff
   libgit2
   libglade
   libGLU
   libglvnd
   libgpg-error
   libICE
   libiconv
   libidn
   libidn2
   Libint
   libjpeg-turbo
   libmatheval
   libMesh
   libogg
   libopus
   libpciaccess
   libpng
   libpsl
   libpthread-stubs
   libreadline
   librttopo
   libsigc++
   libSM
   libsndfile
   libsodium
   LibSoup
   libspatialindex
   libspatialite
   libtasn1
   LibTIFF
   libtirpc
   libtool
   libunistring
   libunwind
   libvorbis
   libwebp
   libwpe
   libX11
   libXau
   libxc
   libxcb
   libXdmcp
   libXext
   libxml++
   libxml2
   libXmu
   libXp
   libXpm
   libxslt
   libxsmm
   libXt
   libyaml
   LittleCMS
   LLVM
   LMDB
   LoFreq
   LOGODetect
   lpsolve
   Lua
   lxml
   lz4
   LZO
   M4
   MACS2
   MAFFT
   make
   makedepend
   makeinfo
   MAKER
   Mako
   Mamba
   manta
   MariaDB
   MariaDB-connector-c
   MATLAB
   matplotlib
   MCL
   MCR
   mdplus
   MDTraj
   medaka
   Meep
   MEGA2
   MEME
   merlin
   Mesa
   Meson
   MetaEuk
   MethylDackel
   METIS
   Minia
   Miniconda3
   minimap2
   minizip
   mm-common
   MMseqs2
   Molden
   molmod
   Mono
   Mothur
   motif
   MPB
   MPC
   MPFR
   MPICH
   mpmath
   MrBayes
   MRtrix
   MultiQC
   MUMPS
   MXNet
   NAMD
   NASM
   NBO
   ncbi-vdb
   ncdf4
   NCL
   NCO
   ncurses
   ncview
   NEST
   netCDF
   netCDF-C++4
   netCDF-Fortran
   NetLogo
   nettle
   networkx
   Nextflow
   nghttp2
   nghttp3
   NGS
   ngs-disambiguate
   ngtcp2
   NiBabel
   Ninja
   NIPY
   nlohmann_json
   NLopt
   NLTK
   nodejs
   NSPR
   NSS
   nsync
   numactl
   numba
   numexpr
   numpy
   occt
   OpenBLAS
   OpenColorIO
   OpenCV
   OpenEXR
   OpenFOAM
   OpenImageIO
   OpenJPEG
   OpenMPI
   OpenPGM
   OpenSSL
   OrthoFiller
   OrthoFinder
   p11-kit
   p7zip
   pandas
   Pandoc
   Pango
   parallel
   ParaView
   ParMETIS
   patchelf
   pbbam
   pbcopper
   PCRE
   PCRE2
   peddy
   Perl
   Perl-bundle-CPAN
   PETSc
   PGI
   picard
   PICRUSt2
   piecewiseSEM
   pigz
   PIL
   Pillow
   Pillow-SIMD
   Pindel
   Piranha
   PISM
   pixman
   pkgconf
   pkgconfig
   pkg-config
   PLINK
   PLUMED
   PMIx
   pocl
   Polypolish
   poppler
   PostgreSQL
   printproto
   prodigal
   PROJ
   protobuf
   protobuf-python
   pugixml
   py
   pybedtools
   pybind11
   PyCairo
   pydicom
   pyEGA3
   pyfaidx
   PyGObject
   PyGTK
   pykml
   PyQt
   PyQt5
   Pysam
   PySnpTools
   pyspoa
   pytest
   Python
   python-isal
   PyTorch
   PyYAML
   QCA
   QCTOOL
   Qhull
   QIIME2
   qrupdate
   Qt
   Qt5
   Qt5Webkit
   QuantumESPRESSO
   QUAST
   Qwt
   QwtPolar
   R
   Racon
   RapidJSON
   r.avaflow
   RAxML
   R-bundle-Bioconductor
   RDKit
   RE2
   re2c
   regenie
   RELION
   RepeatMasker
   requests
   revbayes
   rgdal
   R-keras
   RMBlast
   ROOT
   rpmrebuild
   r-saige
   rstudio
   Ruby
   Rust
   SAIGE
   Salmon
   Sambamba
   SAMtools
   ScaFaCoS
   ScaLAPACK
   ScientificPython
   scikit-build
   scikit-learn
   scipy
   SciPy-bundle
   ScLimbic
   SCons
   SCOTCH
   SDL2
   SEPP
   SeqKit
   seqtk
   setuptools-rust
   Seurat
   sickle
   SIP
   six
   SLEPc
   SMRT-Link
   snakemake
   SNAP
   snappy
   snpEff
   SOLAR-Eclipse
   SPAdes
   Spark
   spoa
   SQLite
   Stacks
   STAR
   STAR-CCM+
   Stata
   statsmodels
   StringTie
   Subread
   SuiteSparse
   SuperLU_DIST
   SurvivalGWAS_SV
   SWIG
   sympy
   Szip
   tabix
   tbb
   Tcl
   tcsh
   tebreak
   TensorFlow
   texinfo
   texlive
   Theano
   Tk
   Tkinter
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   TopHat
   tqdm
   TRF
   Trim_Galore
   typing-extensions
   UCC
   UCX
   UDUNITS
   unifdef
   UnZip
   utf8proc
   util-linux
   VCFtools
   VEP
   virtualenv
   Voro++
   VSEARCH
   VTK
   VTune
   Wannier90
   WebKitGTK+
   wget
   wpebackend-fdo
   wxPython
   wxWidgets
   X11
   x264
   x265
   xbitmaps
   xcb-proto
   XCrySDen
   Xerces-C++
   xextproto
   XIOS
   XMDS2
   XML-Compile
   XML-LibXML
   XML-Parser
   xorg-macros
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   Yasm
   YAXT
   ZeroMQ
   Zip
   zlib
   ZPAQ
   zstd